Madrasah Aliyah Bahauddin ini berada di bawah naungan Yayasan Pendidikan Bahauddin ( YAPIB ). Dan pada tahun 2003 Madrasah Aliyah Bahauddin mendaftarkan diri keLembaga Pendidikan Ma’arif NU Sidoarjo, untuk dijadikan salah satu madrasah yang ada di bawah pengawasan dan pengelolannya.
Dan pada tahun 2003 Madrasah Aliyah Bahauddin mendapat Piagam dari Departeman Agama, dan diakui sebagai lembaga pendidikan swasta yang ada di bawah pengawasannya, dengan SK nomor :35/YAPIB/SK/B.6/I/2003.
Terwujudnya insan bernalar bening, trampil dan berbudi pekerti yang luhur berdasarkan iman dan taqwa yang dijiwai ajaran Islam Ahlussunnah Wal Jama’ah
1. Menyelenggarakan pendidikan berorientasi pada mutu lulusan yang berkualitas baik secara keilmuwan, moral dan sosial.
2. Mengembangkan sumber daya insani yang unggul di bidang Iptek dan imtaq melalui proses pembelajaran yang efektif dan efisien.
3. Menumbuh-kembangkan semangat keunggulan dalam bidang ilmu pengetahuan, teknologi, agama, budaya dan keterampilan bagi seluruh sivitas akademika.
4. Menumbuhkan penghayatan dan pengamalan ajaran Islam Aswaja sehingga dapat ditumbuhkan pribadi yang beriman bertaqwa dan berakhlakul karimah.
5. Meningkatkan kualitas pembelajaran di MA dengan berbasis IPTEK dan IMTAQ.
6. Meningkatkan pencapaian prestasi akademik dan prestasi non akademik.
7. Menerapkan pembelajaran aktif, kreatif, inovatif, efektif dan menyenangkan(PAIKEM).
8. Meningkatkan keimanan dan ketaqwaan serta pengetahuan siswa khususnya di bidang Iptek agar siswa mampu melanjutkan pendidikan pada jenjang perguruan tinggi yang berkualitas.
9. Meningkatkan kemampuan siswa sebagai anggota masyarakat dalam mengadakan hubungan sosial, budaya dan alam sekitarnya yang dijiwai dengan nilai-nilai Islami
